云黄连适宜在选择海拔2700～3000米，坡度15°左右的阴坡或半阴坡处，pH值在6～7，富含腐殖质、保水、保肥强的棕色森林土生长。地上的森林植被以落叶阔叶林为好，要求在水源灌溉方便之处。选地时，忌选云黄连的连作地。
前茬作物收获后及时翻耕，平整地块，打碎土块，清除田间作物残体、杂草、石块，以改善土壤理化性状，减少病虫危害。在选好的地上，冬春季节根据种植时荫蔽度的需要，保留地上的一部分乔灌木，清除杂草和过密的乔灌木，保持30%左右的透光度，将地上枯枝落叶烧灰做肥。耕深约25厘米，栽种前再深翻1次。
平整地块后，每亩撒施腐熟农家肥（圈肥）2500～3000千克和腐殖土2000～3000千克混合做基肥，及时深翻（深20～25厘米）。墒面宽130～150厘米、面高15～20厘米，畦与畦之间排灌沟宽20厘米。
定植时间一般为3—6月移栽，按30厘米×30厘米的株行距进行移栽。每亩需种苗20000株左右，栽后搭荫棚。若不搭荫棚，可在适合云黄连生长的林地进行林下栽培。
栽培后3～5天检查是否有缺苗，若有缺苗，应立即进行补苗。栽后10天左右，施腐熟的清粪水1次，称为“刀口肥”，助苗成活。到7—8月时，再施1次腐熟粪水，或用充分发酵腐熟的油枯在畦面上铺2～3厘米厚。以后每年1—3月、8—9月，均应各施肥1次。云黄连生长旺盛时期，可进行叶面喷施抗氧剂。一般施用亚硫酸氢钠可提高光合率，增加根部养分的贮存。
云黄连为矮小草本植物，要求有草就锄。结合松土，一般每年进行2～3次除草。幼苗期不能用锄头，只能人工拔草。待苗有一定高度时，可用锄头除草。
培土结合施肥进行，栽后第二、第三、第四年冬季施肥后，将经过熏烧的腐殖质土撒施于墒面，一般每亩用量1500～2000千克，逐年增加，以促进根茎节间增长，提高产量。在云黄连种子生产过量的情况下，除留种的种苗外，凡是抽薹开花的植株，均可刈去花薹，以提高云黄连根茎的产量。这一措施可以控制种子的生产，提高云黄连的单产。
栽后l～3年内，要经常检查荫棚，发现棚顶被风吹开，应立即修补。在收获的当年春季要亮棚，即拆除棚盖，让云黄连在日光下生长，促进养分向根茎转化，使根茎充实。若是做扦插繁殖材料的云黄连，直至收时才拆棚。在林下种植的，则在种植后第三年时开始逐渐砍修树枝，调节荫蔽度达50%，第四年调节达30%，第五年调节到20%。
云黄连的病虫害防治原则包括：以预防为主，大力提倡运用综合防治方法；在防治工作中，力求少用化学农药；在必须施用时，严格执行中药材规范化生产农药使用原则，慎选药剂种类；严格掌握用药量和用药时期，尽量减少农药残留。
云黄连主要病害为叶斑病和缺素症。
（1）叶斑病。
①症状：初期在叶正面形成许多褐色小点，逐渐扩大成半圆形、圆形或不规则的斑点，叶斑中间枯白或黄褐色，边缘暗褐色，四周有浅黄色晕圈。湿度大时，病部正反两面均产生灰黑色霉层（孢子）。严重感病的叶片上病斑连片，导致叶片变褐枯黄，直至植株死亡。
②病原：由柱隔孢属真菌、柱孢属真菌引起。
③发生特点：病菌一般在病叶、植株病残体和土壤中越冬。次年温度回升时，从分生孢子器中产生分生孢子，借风雨、农具等传播，分生孢子接触叶片后萌发，菌丝侵入叶片组织引起初侵染。发病后，新病斑产生的大量分生孢子经风雨、气流传播，引起多次再侵染。高温、高湿、多雨的气候条件有利于该病的发生流行，多在8—9月发病，10月逐渐减少。通风透光不良、土壤排水不良的涝洼地容易发病。
④防治方法：a.清洁田园，及时摘除病叶、老叶，集中烧毁；b.育苗前要对种子和育苗床土壤消毒，防止种子种苗带菌；c. 75%百菌清可湿性粉剂600倍液或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液喷雾，隔10～15天喷1次，连续防治2～3次。
（2）缺素症。
①症状：植株矮小，生长不良，叶片表现暗紫红色和发黄。
②防治方法：a.在选择栽培产地时，做环境选择和土壤检测，以野生云黄连生长较好区域的环境条件和土壤检测结果作为选择新种植区的标准和依据，避免缺素症发生；b.根据土壤检测结果比较，补充使用微量元素。
（1）蛞蝓。
①鉴别要点：蛞蝓为柄眼目蛞蝓科蛞蝓属软体动物。
②生活习性：1年发生1代；以成虫或幼体在植物根部湿土下越冬。春夏之交产卵，多产于湿度大的隐蔽土缝中，繁殖力强；蛞蝓怕光，强光下2～3小时即死亡；蛞蝓多为夜间活动，傍晚出动，晚上22:00—23:00达高峰，清晨之前陆续潜入土中或隐蔽处；蛞蝓耐饥力强，在食物缺乏或不良的环境条件下可长时间存活；阴暗潮湿的环境对其生长发育最为有利。
③危害特点：成虫危害。蛞蝓是一种食性杂和食量大的害虫，啃食叶片成孔洞或缺刻，影响产量和药材外观。春末夏初和秋季是为害盛期，夏季高温天气则活动减弱。
④防治方法：在集中危害的田块，撒施草木灰和石灰粉。也可在田间用生石灰粉撒布“田”字格，限制蛞蝓活动范围后，傍晚至夜间循迹撒盐使其脱水或直接捕杀；在畦边或田块边缘，采用布置浸水瓦片等方法设置阴湿环境，并以蔗糖拌新鲜蔬菜为饵诱；在清晨蛞蝓未入土前，全株喷洒1%的食盐水或0.1%的硫酸铜溶液将其灭杀。
（2）潜叶蝇。
①鉴别要点：潜叶蝇为双翅目潜蝇科植潜蝇属昆虫。
②生活习性：1年发生3～4代；以老熟幼虫在植物的根茎中越冬；春季为发生盛期。
③危害特点：幼虫危害云黄连叶片；幼虫钻入云黄连嫩叶内取食叶肉，形成不规则道痕，导致叶片失去叶绿素，逐渐干枯死亡。
④防治方法：及时检查，发现虫蛀叶片及时清除，减少初始虫源；成虫产卵盛期，可用1.8%阿维菌素乳油2500倍液或10%溴氰虫酰胺可分散油悬浮剂15～18克/亩对水60千克轮换喷雾防治，每7天喷1次，连喷2～3次。