目前，云南主要栽培的优良品种（品系）有云南大泡核桃（又称漾濞泡核桃、泡核桃、茶核桃）、三台核桃（又称草果核桃）、细香核桃、圆菠萝核桃、小泡核桃、大白壳核桃等29个品种。其中，云南大泡核桃、大姚三台核桃、细香核桃等优良泡核桃品种统称“云南薄壳核桃”，为云南商品核桃的品牌，在花枝率、坐果率、单株产量、亩产量、抗病性等方面均高于北方核桃。云南省林业和草原科学院经30余年努力培育出的早实杂交核桃新品种有5个（云新301、云新303、云新306、云新高原、云新云林），可以推广应用。
云南大泡核桃树冠庞大，树皮灰褐色，粗糙，有纵裂。一般分枝较低，枝条向周围扩展，小枝棕黄色，侧芽稍圆。小叶黄绿色，多为全缘。核果中等大小，扁圆球形，底端稍尖，刻纹大而浅，种壳1毫米，内隔膜纸质或革质。果实白露节令成熟，种仁大，取仁容易，可以完整地取出种仁，出仁率50%～56%，含油率32.9%～39.8%。该品种丰产性能好，单株产量高，果实种仁饱满，经济价值较高。主要分布于漾濞、昌宁、云龙、永平、楚雄、凤庆、南涧、保山、南华、新平、玉溪等县市（州）。
细香核桃树势较强，树姿半开张，树冠半圆球形。1～2年生果枝灰绿色或浅绿色，芽饱满，圆形。皮孔灰白色，椭圆形。坚果近圆球形，基部渐尖或较平，顶部突尖；壳面麻点多、大、深，凸凹突出；缝合线宽，隆起，紧密；单果重11.9～14.2克，仁重6.4～7.8克；壳厚0.8毫米；内槽不发达，内隔基部骨质，边缘纸质；取仁容易，可取整仁，出仁率52.08%～56.45%；仁浅棕色或浅琥珀色，饱满，味香；仁皮上的脉络较明显，灰黑色；脂肪含量71.92%，蛋白质含量13.38%。细香核桃果实比大泡核桃小，但成熟期比大泡核桃早20天左右，果实于处暑节令前后成熟。主要分布在保山、凤庆、昌宁、龙陵、腾冲、施甸等市县市，适于海拔1800米以上的地区栽培。
大姚三台核桃因原产于云南大姚县三台而得名，核果中等大小，果大皮薄。坚果卵圆形，形似草果，两端圆而略尖，壳薄，刻纹细而浅，光滑。内种皮白色，饱满，味香甜，品质优良。单果重7.2～11.6克，仁重5.0～6.8克，壳厚0.5～0.8毫米；可取整仁，出仁率51.49%～65.12%，含油率高达73.4%。适宜在海拔1600～2400米的地区栽培。
圆菠萝核桃主产于漾濞、云龙、洱源、永平等县市，核果大，顶部圆形、基部平大，刻纹均匀、较浅，壳稍厚，内隔膜革质，种仁饱满，皮黄褐色，能整仁取出。果实于秋分左右成熟，比一般品种迟一个节令。多分布于海拔2000米左右，较耐寒，适宜在高山较冷地区栽培。云新90301、云新90303、云新90306均由云南省林业和草原科学院选取大姚三台核桃和新疆早熟核桃新早13号进行种间杂交育成的品种。一年生嫁接苗定植后2～3年结果，8年进入盛果期，单株产果10千克左右，早实、早熟、丰产、优质，树体矮化、耐寒，适应性较广，是理想的鲜食和鲜仁加工品种，但必须采用矮化密植栽培管理措施才能丰产、优质。云新高原、云新云林由云南省林业科学院杂交育成，亲本为漾濞大泡核桃、新疆早实核桃和云林A7号，一年生嫁接苗定植后2～3年结果，8年进入盛果期，单株产果10～15千克，在滇西、滇中、滇东、滇东北及滇西北海拔1600～2400米的地区栽培多年，表现出成熟早、上市早等优势，为目前云南省理想的鲜食和鲜仁加工品种。
云南核桃多分布于海拔1200～2900米的地区，常有栽培的大泡核桃或野生铁核桃、夹棉核桃，在海拔1800～2100米最适宜云南核桃生长，果实品质也最好。海拔过高，结果少，种仁不饱满，含油量低；海拔过低，生长旺盛，结果少，病虫害多。云南核桃适宜的年平均气温为11.4℃～18.0℃，最冷月平均气温3.8℃～10.9℃，绝对低温不低于-5.8℃，绝对高温不超过33.8℃，年平均相对湿度74%，年平均降雨量在1000毫米以上。核桃生长最适宜的土壤条件是深厚，排水良好的石灰土、红壤、黄壤、棕色森林土等土壤类型，土壤pH值宜在5.5～8.0，黏重、排水不良以及贫瘠、浅薄的土壤均不适于核桃生长。云南核桃树是长寿树，目前有的地方百年以上的核桃树仍然枝繁叶茂，正常开花结实。根据云南核桃树生命周期中各生长发育期所呈现的特点，通常将云南核桃树的生长发育划分为四个时期，即幼树生长期、生长结果初期、盛果期及衰老更新期。在进行云南核桃的栽培管理中可根据树体不同时期的特点采取相应的栽培管理技术措施，以充分调节、发挥好树体各个时期的生长发育特点，产生最大效益。