成熟的羊肚菌要及时采收，否则过熟后，菌肉会变薄，品质下降。采摘时，直接用小刀或剪刀沿菌柄把整个子囊果的地上部分割下，摒弃泥脚部分，让子囊果干净整洁，利于销售。新鲜羊肚菌不宜保存，用冷藏方法在2～4℃下可贮藏7～10天。若不能及时销售出去，也没有冷藏设施，可以制作成干品。干制加工可选择自然晾晒和热风烘干。若环境条件允许，可在栽培地旁搭建晾晒棚，将采收后的羊肚菌直接摊开在透气的尼龙网或遮阴网上晾晒。这种处理方法简单易行，成本低，但干燥过程时间长，受气候影响较大。热风烘干时，起始温度控制在35～40℃，加大通风，排走湿空气，随后逐渐升温至40～50℃，直至彻底干燥。这个过程需要10～16小时，时间长，能耗高。