受孟加拉湾暖湿气流的影响，独龙族地区雨量充沛，年均降雨量达3000～4000毫米，一年之中便有300天是雨天，成为东南亚三个多雨中心之一。但由于山高谷深、地形多样，山顶与江边山脚的气温相差很大，兼有寒、温、热三个气候带，垂直差异明显，立体性特征突出。海拔3700米以上的山峰，每年积雪达六七个月；半山腰具有温带的气候特点；河谷地区却气候较热，年平均温度在23℃左右。