草果种苗繁殖方式有种子繁育、分株繁殖和组织培养快繁三种方式。目前，种子繁育是种苗繁育的主要方式，实生种子苗可以在苗圃里培育得更壮实，且植株较小，对水肥的消耗比较少，需要的荫蔽条件更容易满足，也更容易成活。在草果园的建植中分株繁殖，很少采用非生殖株假植的苗，只有在老草果园的改造和管理中小面积应用。这主要是因为，种苗数量有限，很难大规模繁育；种植后结果年限较短，很难发挥品种优势。组织培养快繁仍然处在试验阶段，有部分不定芽出现玻璃化现象，同时也出现了各种变异，如叶失绿、整株黄化死亡等，其变异现象还需进一步研究。此外，在诱导和增殖培养过程中，部分培养基产生了褐化现象。褐化现象有可能导致培养物的组织死亡，影响培养物的生长发育，甚至可能导致培养物整体死亡。如何防止培养物褐化，有待进一步深入研究。
种子繁育主要选择近球形或纺锤形的果粒，以个大、粒多、产量高的为采种植株，选择株形紧凑、无病害、结果多的植株上的果穗，弃两头，留中间，并保证有较好的成熟度。分株繁殖以生长粗壮、根茎上根多、无病虫害的植株做种苗。组织培养快繁取草果侧芽为外植体。