种子繁殖是一种有性繁殖方式。该方式具有一次性繁育后代数量大，后代健康、无病毒、活力强等优点，但后代也容易发生性状分离，不容易保持百合产品品质的一致。种子繁殖一般用来培育新品种，也可用于提纯复壮、脱除病毒。百合不同种间染色体倍性差异较大，自交或杂交亲和性不同，获得种子难易不同，生产上应用不多。
1.播种时间
9—10月份蒴果成熟，一个蒴果内可包含数百粒种子，部分蒴果开裂后即可收集种子并播种，当年就可以发出胚根，第二年幼苗便可迅速生长。种子采收后不具备播种条件的，也可阴干后干燥室温贮藏，一般可保持2年发芽力。早春2—3月播种也有利于幼苗生长。
2.播种方法
选择排水良好、浇水方便、腐殖质含量高、病虫草害少的地块或用直接苗盘进行育苗。育苗地块上方需覆盖遮阳率50%以上的遮阳网，以防幼苗发生日灼。地块需深翻25厘米以上，按每亩过磷酸钙40千克、腐熟农家肥2000～3000千克，随旋耕施入地里。整地成墒，墒面宽100～120厘米，墒高约20厘米。墒面整细耙平。另外再筛一部分细碎山基土或田土，用于覆盖墒面，苗盘育苗可直接用细土做基质及覆盖。种子可采用撒播方式均匀播到墒面上或苗盘内，播种密度可播稀一些，以种子与种子外边缘之间间隔1～2厘米为宜。播后立即覆土，厚度2～3厘米即可，有条件的还可以覆盖碎稻草、麦秆或松毛保墒。完成播种及覆盖后需浇一次透水。
3.田间管理
播种后需要经常观察苗床湿度情况，土表以下2厘米干燥需及时补充水分。第二年春季3月份左右百合种子即可出芽，第一年可生长1至数枚叶片，形成一个小鳞茎，不抽生直立茎；也有的种子当年只生长根及鳞茎，第二年才生长出叶片。在生长期内需保持土壤湿度，但切忌淹水，及时除草，避免与种子争水、争肥、争光。每月可喷施一次含0.5%尿素+0.5%磷酸二氢钾的液肥以促进生长。如播种密度合适，实生苗可直接在苗床上生长2～3年，每年生长期注意保湿、防杂草、补肥，休眠期可每年在土表撒施一层细碎腐熟有机肥。不同种类百合幼苗阶段的时间不同，一般从播种到开花需要2～8年。如实生苗生长过密，秋季植株枯萎后可及时移栽，扩大株行距。大部分植株开花后可筛选表现优良、品种特征明显的单株单独培育，或者剔除病、弱、畸形的鳞茎后直接用于生产。
（1）浇水、排涝。种植完成后，如土壤含水量较低，需要浇一次透水，到进入雨季前，根据土壤墒情及时灌溉。在高海拔地区，土壤有明显的夜潮现象，百合从种植到收获基本上都不需要浇水。雨季则需要注意防涝，保持排水沟通畅，避免百合淹水死亡。
（2）追肥。要想百合获得高产，生长期追肥也很重要，提倡使用有机肥，无机肥可作为叶面肥少量使用，有利于提高百合鳞茎的品质。从春季萌发开始到枯萎前，每个月可追施一次腐熟农家肥稀释液5～10倍。萌芽至开花前，每月喷施一次含1%尿素+0.5%磷酸二氢钾的叶面肥，重点喷施叶背面，以植株湿润不滴水为佳，以促进植株生长，开花后至植株枯萎前，每月可喷施一次含0.3%尿素+0.5%磷酸二氢钾的叶面肥，以延缓植株枯萎，促进地下鳞茎膨大。当年采收的，可于采收前1个月停肥。多年种植的百合，可每年在植株开始枯萎时在植株附近每亩撒施商品有机肥500千克，或腐熟农家肥1000千克。施肥后平墒种植的可配合除草为植株覆土，形成高约10厘米的垄。高墒种植的可从墒间的排水沟取土覆盖在墒上。
（3）中耕除草。中耕除草是百合生长期主要的农艺措施，中耕配合除草，可避免土壤板结，保肥保墒，也有利于鳞茎膨大，因百合茎生根分布较浅，中耕不可过深，避免伤及根系，多年种植的，越往后中耕要越浅。百合对大多数除草剂都较敏感，一般建议随中耕除草或人工拔除，一年需除草4～6次。
（4）摘除花蕾。食用、药用百合都是以收获地下鳞茎为主，开花会消耗植株营养，影响鳞茎生长，根据对比试验，摘除花蕾比不摘除花蕾可增产7%～30%，且种植年限越长，每年摘花对产量影响越大。摘除花蕾越早越好，在植株顶端可看到花蕾时即可摘除，因百合植株生长不整齐，摘蕾需分多次进行，大面积栽培的，也可以采用背负式小型割草机进行打顶，效率较高。
鳞茎繁殖是生产中应用最简单、最广泛的一种无性繁殖方式。生产上一般种用鳞茎的分级标准为特级种：30～50克；一级种：20～30克；二级种：10～20克，10克以下的鳞茎需要再培育1～2年才能达到种用鳞茎的标准。
1.鳞茎分球繁殖法
适用于卷丹、龙牙百合等一个鳞茎由多个小鳞茎聚合而成的种类。每年采挖鳞茎后，选择生长健康无病害、品种特征明显、个头大的鳞茎，将其上的小鳞茎一个个分开，即可做种，要求每个小鳞茎均带有鳞茎盘。分下来的小鳞茎达到种用鳞茎标准的可直接播种或在0℃左右冷库中贮存到第二年春季尽早播种。
2.小鳞茎繁殖法
大多数百合直立茎地下部分都会长出数个至数十个小鳞茎，有的在老鳞茎基部外侧也会形成数个小鳞茎，这些小鳞茎当年一般都只能生长到10克以内，有的甚至不足1克，这些小鳞茎可集中收获后分成大、小两级，分开栽培，用于培育生产用鳞茎。5克以上的鳞茎可采用点播的方式种植，每亩播12万～15万粒，1～2年后可供应10～15亩大田种植；5克以下的鳞茎可采用类似种子播种的方式作墒栽培或条播，2～3年后可达到大田种植要求。
百合鳞片繁殖是一种特殊的扦插繁殖方式，百合鳞片是一种变态的茎，鳞片从鳞茎上剥下后在适宜的温湿度条件下可直接分化出小鳞茎并生根长叶，这一方式具有繁殖系数高、后代不易退化等优点，但周期比直接用鳞茎繁殖长1～2年。鳞片繁殖有土培法、沙培法、气培法等，现介绍一种常用的较为简便高效的方法。每年秋季收获商品球后，选择要用作鳞片繁殖的鳞茎，从外向内将鳞片逐片剥下，注意保留鳞茎盘，最内的几层鳞片不剥，剩下的包含鳞茎盘的种芯重量在20克以上，可以直接跟一、二级种用鳞茎一样用于大田生产。剥下的鳞片可用50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液、70%甲基硫菌灵可湿性粉剂或75%敌磺钠可湿性粉剂1000倍液浸泡20～30分钟，晾干后采用类似种子播种繁殖的方式进行种球培育。鳞片量少时可采用逐片扦插的方式，尽量每枚鳞片凸面朝向一致，片间距2～4厘米，行距10厘米；鳞片量大时可直接撒播，以鳞片间稍有空隙为宜，扦插或撒播完成后覆土，浇一次透水。如土温适宜，当年即可在鳞片上分化出数个小鳞茎并长出新根，第二年大多数小鳞茎可抽生叶片，以后的管理同播种繁殖，2～3年后采收，重量大于10克的可分级用于大田种植，小于10克的还需再更换育苗地再种植1～2年。
珠芽繁殖是卷丹等直立茎中上部能产生珠芽种类的一种特殊繁殖方式，本质上珠芽也是一种变态茎，也属于小鳞茎繁殖。每年8月份珠芽由绿转黑后可及时采收，采收过晚珠芽容易脱落。珠芽繁殖方法类似于小鳞茎繁殖法，点播或撒播均可，因卷丹植株较高大，播种密度可稍低些。珠芽种植2～3年即可用于大田种植，为避免后期植株生长过密，播种1～2年后休眠期可移栽1次。
组织培养繁殖就是利用百合的鳞片、茎尖、茎段、珠芽、花丝、花柱、花粉等组织作为繁殖体，采用植物组织培养技术在试管内繁育成小植株或小鳞茎，再过渡到室外自然条件下正常生长的一种方法。组织培养是百合快速、大量繁殖最高效的方式，也可以用于脱毒、胚挽救、单倍体育种、诱变育种等。开展组织培养需要建立专门的组培车间，配套相应的房屋、炼苗设施、仪器设备、药品和技术人员，该方法前期投资和运营成本较高，一般为科研单位或专业的种苗繁育企业根据需要所采用。以百合鳞片为例进行组织培养一般包括鳞片消毒、接种、初代培养（鳞茎分化）、继代培养（鳞茎扩繁）、植株再生、炼苗移栽等几个步骤，炼苗成活后植株即可进入正常田间管理。一个百合鳞茎理论上一年可繁殖出上百万个小鳞茎。
1.栽培土地的选择
百合适应性较广，在pH值为6～8，土层深厚，排水良好的砂质壤土或石灰质壤土上均能生长良好，栽培土地以不淹水的平地或坡地为好，种植环境以稍有遮阴或山地的东坡、西坡为好。黏性土壤中百合生长缓慢，采挖也困难。土壤条件不良可采用增施有机肥、增施山基土的方式进行改良。同一品种，种植海拔越高，鳞片抱合越紧密，高海拔地区种植的兰州百合糖分转化更彻底，鲜食口感也越好。百合忌连作，在百合生长过程中，其根系分泌物可生成自毒物质和化感物质并积累，导致土壤微生物种群平衡破坏，根际微生物平衡失调，使百合植株抗氧化系统紊乱，阻碍次生代谢，引起植株衰老，造成产量和品质下降。水旱轮作区，百合可与其他作物2～3年轮作一次，旱作区需4～5年轮作一次。前茬以豆科、禾本科作物为好，避开种植过百合科、茄科作物的地块。
2.栽培土地的整理
百合种植前需深翻土壤，翻耕深度最好达到30厘米以上，清除杂草、石块、地膜等杂物，如果是水田，还需至少提前1个月深翻晒垡。百合又是一种喜肥、耐肥的作物，其生长期较长，需要一次性施足底肥，底肥可占到整个栽培周期肥料用量的70%左右。每亩可施入腐熟的农家肥3000千克或商品有机肥1500千克过磷酸钙50千克，复合肥25千克，，有地下害虫为害的田块每亩还需施入5%毒死蜱颗粒剂2千克，均匀撒施，并随翻耕与土壤充分混合。
3.种球种植
百合产量与种植鳞茎大小密切相关，要选择品种特征明显、抱合紧密、健康无病、单芽的鳞茎做种，剔除有病害、腐烂、畸形和多芽的鳞茎。不同品种百合种用鳞茎重量不同，一般种用鳞茎兰州百合、川百合选用20～30克的，卷丹选用30～40克的，龙牙百合选用40～50克的，这样生产的百合质量较佳，也比较经济。种植密度一般为每亩种植鳞茎1.0万～1.5万个，根据种球大小及种植密度每亩需种用鳞茎200～350千克。百合种植从10月份到第二年春季萌芽前或土壤解冻后均可，秋季种植，鳞茎当年就可以在土中发根，第二年春天出苗早，可比春季种植提早出苗15～20天。百合种植前需对鳞茎进行消毒处理，可用50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液、70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液或75%敌磺钠可湿性粉剂800～1000倍液浸泡20～30分钟，稍晾干水分后播种。百合种植有平墒和高墒两种方式。坡地可平墒种植，加大行距，根据地势在适当位置留排水沟，平地多采用高墒种植的方式。平墒种植较为省力，种植时，先顺坡开一道沟，沟深10～15厘米，锄松沟底土，在沟底摆放一排鳞茎，根据种球大小，株距15～25厘米；或者在沟两侧交错各摆放一排鳞茎，株行距均控制在20厘米左右，然后开第二道沟，将沟内的土覆盖到第一道沟内，沟底与沟底的距离约40厘米。在摆放种球和覆土的过程中，一定要注意覆土厚度为种球高度的2倍，种球顶端直立向上，便于顶土发芽。平地高墒种植需提前将地整成宽100～120厘米，高20～25厘米的墒，墒与墒之间留宽25～30厘米的排水沟。种植时与墒面平行开种植沟，沟底摆放种球，种完一排后用第二条沟的土覆盖第一条沟的种球，株行距控制在（15～20）厘米×（25～30）厘米。
为害百合的病虫害较多，如软腐病、立枯病、灰霉病、茎腐病、锈病、病毒病、蛴螬、地老虎、线虫等，应本着“预防为主，综合防治”的原则进行防控。种用鳞茎要选择健康、无霉变、无斑点、无畸形的鳞茎做种，避免选择经过多代无性繁殖，或反复从生产田中采收，或从病虫害、病毒病严重地块采挖的鳞茎。种用鳞茎贮藏期间要注意避光、通风、保湿但不可过湿，温度保持在0℃～5℃。种植前，必须用50%多菌灵可湿性粉剂250～500倍液、50%甲基硫菌灵（甲基托布津）可湿性粉剂500倍液、80%代森锰锌可湿性粉剂600～800倍液、40%敌磺钠（根腐宁）可湿性粉剂500～800倍液等进行浸泡消毒，稍晾干后尽快完成种植。种植地块避免低洼积水，避免重茬，前茬作物避免百合科、茄科。如果是土传病虫害较多的地块，需提前针对病菌、害虫、线虫等进行土壤消毒。在百合生长期要注意观察，出现病虫害症状的，要及早对症治疗；出现花叶、丛簇等病毒侵染典型症状的，建议拔除病株易地焚烧或深埋。