成熟的羊肚菌要及时采收,否则过熟后,菌肉会变薄,品质下降。采摘时,直接用小刀或剪刀沿菌柄把整个子囊果的地上部分割下,摒弃泥脚部分,让子囊果干净整洁,利于销售。新鲜羊肚菌不宜保存,用冷藏方法在2~4℃下可贮藏7~10天。若不能及时销售出去,也没有冷藏设施,可以制作成干品。干制加工可选择自然晾晒和热风烘干。若环境条件允许,可在栽培地旁搭建晾晒棚,将采收后的羊肚菌直接摊开在透气的尼龙网或遮阴网上晾晒。这种处理方法简单易行,成本低,但干燥过程时间长,受气候影响较大。热风烘干时,起始温度控制在35~40℃,加大通风,排走湿空气,随后逐渐升温至40~50℃,直至彻底干燥。这个过程需要10~16小时,时间长,能耗高。