随着中国对番木瓜新品种的不断引进和选育，目前中国已有10多个主栽培品种，能满足不同地区栽培和广大消费的需求。
4.3.2.1国内选育品种
1.穗中红48
穗中红48木瓜是广州市果树科学研究所（前广州市农业科学研究所）由多元杂交育成的番木瓜优良品种，是广州地区推广的优良品种之一，约占番木瓜栽培面积的60%以上。广东其他地区以及福建、广西、海南、云南也广泛引种，目前是中国的主栽品种之一。
穗中红48具有矮干、早熟、丰产、优质、花性较稳定的特点，植株矮壮，一年生株高130～150厘米，茎干偏细，幼苗期红色，成长植株茎灰绿色；叶片略小，缺刻较多而略深，色绿，叶端稍下垂，叶柄短，黄绿色。营养生长期短，从第24～26叶期开始现花蕾，花期早，坐果也早，坐果部位低，一般40～48厘米开始坐果。在广州地区，冬播春植经190～200天开始采收。在南宁、福州，4月下旬开花后150～160天果实成熟。两性花结成的果实长圆形，雌花结成的果实椭圆形。单果重1.1～1.5千克。果肉橙黄色，肉质嫩滑，硬度适中，味甜清香，口感佳。含可溶性固形物11.5%～12.5%。
每亩产3500～4000千克，肥沃地区每亩产量可达5000千克。在高温干旱条件下，两性株花性趋雄程度较轻，间断结果不明显，故比较稳产。但本品种耐寒性稍差，根系较浅，易受台风吹倒。每亩可割取乳汁60～170千克，是制取酶的良种，也兼作鲜食和其他加工原料。
2.穗优二号
穗优二号木瓜品种是番禺区种子公司根据国内外市场对小果型红肉番木瓜需求，于2002年选育出来的小果型优质番木瓜新品种。
穗优二号木瓜品种组培苗抗番木瓜环斑花叶病，全为长圆形两性株，在高温期花性趋雄程度较轻，坐果稳定，果纺锤形、倒卵形。单果重0.5～0.8千克，果肉红色，肉质嫩滑，味甜清香，可溶性固形物含量在13%以上。能种植2年；第二年产量较高，单株产果可达40～45个，产量稳定。
穗优二号木瓜品种在正常栽培条件下，商品性长圆形两性果的比例可达95%以上，产量稳定。春植宜在2～3月，秋冬植宜在8～11月，秋冬植次年收获更能发挥该品种抗病、优质、早收获、高效益特性。
3.红妃
红妃木瓜品种性喜温暖，怕严寒霜冻，生长适温为25℃～30℃。在气温低于5℃时，地上部分易受冻害而生长不良、停滞、甚至死亡，高温也会使植株病毒病发生严重，有特抗花叶病、耐病毒病、耐雨水、栽培容易等优点。红妃木瓜品种植株粗壮矮生，生长旺盛，生育力特别强健，早熟，结果节位低，坐果力强。红妃木瓜之所以取名“红妃”，顾名思义，因为其果肉肉色较为偏红，气味芳香，肉质细嫩。此外，最为特别的是，“红妃”虽然果大肉厚，却不生籽，营养价值极高。
红妃木瓜果实的形状有两种，雌性株（占总株数的80%以上）的果实为长球形至椭圆形，两性株（占总数株20%以下）的果实为长棒形。一般单果重1.0～1.5千克，最大的果实可达3.5千克。红妃木瓜果皮光滑、美观，果肉厚，肉色红美（低温期肉色较淡），肉质细嫩，气味芳香，总糖度通常在13%左右，风味好，汁多味甜，品质优。红妃木瓜喜温暖，忌霜冻，生长最适宜温度20℃～35℃，适宜于无霜地区栽培。红妃木瓜结第一个果时，株高仅60～80厘米，结果力强，一季单株最高可结果30个以上，产量高，果形大，单果重1.5～2千克，最高达3千克以上，亩产量达3500～5000千克。
4.台农二号
台农二号是凤山热带园艺试验分所于1971年利用泰国品种和日升种杂交育成的一代杂种，该品种生长势强，早生，植株较小，结果早，产量高，容易栽培。从播种至开花220天。一般在4—8月，11—12月栽种为适宜，生育健早，株形较矮易管理，易栽培，抗病力比其他木瓜品种强。台农二号木瓜果实整齐，单果重750～1000克，雌果椭圆形，两性果长圆形，果形平整美观。果肉厚，果肉呈红色，多汁，可食率高，肉质细嫩，气味清爽；果皮浓绿。台农二号木瓜喜温暖，忌霜冻，生长最适宜温度20℃～35℃，适宜于无霜地区栽培。单果平均重1.1千克，定植当年每棵可挂果50千克，以后每年不断结果，早产、高产、丰产。该品种木瓜具开花早、结果部位低、果粒硕大等特点。
4.3.2.2国外引进品种
1.夏威夷
夏威夷木瓜为常绿草本性半乔木，生长势弱，树冠直立，树干有龟甲状痕迹，呈灰褐色，嫩茎、叶柄带紫绿色。叶轮生于树干茎顶端，单叶，掌状裂叶形，边缘具缺刻，先端渐尖，叶基楔形，叶面平滑，革质，呈绿色，叶柄约长73.8厘米，叶长约55.9厘米，叶宽约56.3厘米。
夏威夷木瓜原产地是美国夏威夷，后来在马来西亚培育成功，1998年引入中国海南等地种植，是水果中的极品，具有早生、生育强健、矮植株、结果力强、易栽培的特点。夏威夷木瓜像一只拳头大小，雌果果实长椭圆形，两性果长型，果重约400～500克。外表不起眼，个小，黄皮，皮表坑坑洼洼，但切开一看，里面果肉鲜红，红色的果肉把瓜皮逼得一线薄；更难得的是，肉软汁多，口感清甜，完全没有本地木瓜的土腥味。
夏威夷木瓜成熟时表皮由绿色变为黄棕色或金红色，果肉嫩黄红润、柔软多汁，口感绵密细致、清甜无比，同时散发出馥郁的香气。平均糖度约14.9度。甜度高，味芳香，品质优良，耐贮运。夏威夷木瓜在丰产期每亩产量可以达到2000千克。夏威夷木瓜喜温暖湿润气候，对土壤要求不严，在中国南方较温暖的地方均可栽种，要求土壤湿润，阳光充足。该品种在海南种植广泛。
2.岭南种
岭南种木瓜品种引自夏威夷，在中国南方有较长的栽培历史，其特点是植株矮小、早结丰产、两性株果实较长、肉厚、果肉橙黄色、味甜、有桂花香味，耐湿性较强。岭南种木瓜分岭南5号和岭南6号两种类型，岭南5号属小果型，平均单果重1千克，果实呈圆形；岭南6号则属大果型，果实长圆形。