基诺山山峦起伏，山峰对峙，两山夹一河，一河汇集有几十个小箐。从山梁的分水岭开始，沥沥甘泉渐成涓涓溪流，越往下汇集的水流越大。茂密的原始阔叶林和缠绕交错的林间藤蔓及高矮不齐、粗细不一的植物群落把沟谷遮挡覆盖住，因而河水四季清澈。较大的河流有黑江、南星河、南本河、菜阳河、巴卡河，这些河流给基诺山和友邻坝区提供充足的水源。基诺山地质年代古老，地理位置特殊，独特的地理环境形成了优异的自然生态。基诺山是中国动植物资源最丰富的宝地，如果说西双版纳是动物王国和植物王国的话，基诺山则是这一王国里的动植物“博物院”，因而基诺山具有“王冠上的绿宝石”之美称。基诺山有热带雨林、南亚热带季风常绿阔叶林、苔藓常绿阔叶林等多层次交错的植物群落，森林覆盖率在 40% 左右。据专家考证，基诺山有常用中药树 30 余种，其中野生分布 24 种，已种植的有 8 种。在已种植的 8 种药物中，砂仁种植就有 25000 余亩，最高年产量可达 100 吨，砂仁已成为基诺乡的一大支柱产业。在基诺山的原始森林里，栖息着各种各样的野生动物，据专家考证，有哺乳动物 100 多种，鸟类 420 余种，两栖类 36 种，爬行类 60 多种，鱼类 100 余种；有国家一至三级保护动物印支虎、亚洲象、野牛、野猪、熊等。基诺山的矿藏资源有铜矿、铅矿、铁矿、银矿、铀矿。石灰岩资源丰富，分布于基诺山的各地，其中巴亚山、司土山、么卓山的储量最大，最集中的石灰石山在亚诺、巴卡、洛特山一带。