6.2.2.1品种
目前滇重楼的选育品种主要有云南省农业科学院药用植物研究所和丽江云鑫公司通过系统选育选择的滇重楼1号、滇重楼2号和滇重楼3号，云南省药物研究所选育的云全1号，云南白药集团中药材优质种源繁育有限责任公司选育的白药滇重楼1号和白药滇重楼2号等新品种。目前生产上以滇重楼2号和云全1号作为产量高、品质优的优良品种，较受种植户的推崇。
1.滇重楼1号
滇重楼1号采用单株混合选择法，经8年（2000—2008年）选育而成。该品种茎杆为紫色，单茎；根茎有效成分含量重楼皂苷Ⅰ和Ⅱ总量为（1.80±0.13）%，高于《中华人民共和国药典》（2015年版）规定的0.6%；六年生以上产量高达180～220千克/亩（干品）；抗叶斑病。
2.滇重楼2号
滇重楼2号采用集团混合选择法，经6年（2004—2009年）选育而成。该品种茎秆为淡紫色，多茎，茎数为滇重楼1号的5倍多，利于无性扩繁；六年生植株根茎重208.04±93.29克（鲜品），根茎长14.68±13.46厘米，根茎粗5.80±1.89厘米；根茎有效成分重楼皂苷Ⅰ和Ⅱ总量为（1.43±0.23）%，高于《中华人民共和国药典》（2015年版）规定的78.8%；六年生产量高达300～400千克/亩（干品），是滇重楼1号产量的2倍；对叶斑病表现出良好抗性。
3.滇重楼3号
滇重楼3号采用混合选择法，历时6年选育而成，属于高有效成分、高产的抗病品种。该品种重楼皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅵ和Ⅶ的总量达到1.98%以上，高于《中华人民共和国药典》（2015年版）规定为0.6%以上）；六年生以上植株根茎重198.93±54.04克（鲜品），根茎长11.1±1.95厘米、粗5.92±0.93厘米；六年生以上产量达350～400千克/亩（干品）；对叶斑病和茎腐病有良好的抗性，性状稳定；繁殖方法为种子繁殖和顶芽切块繁殖，较适宜于温带和亚热带海拔1700～3100米的冷凉地区栽培；具有较好的稳定性和一致性，与滇重楼2号较为相似。
4.云全1号
云全1号以滇西北优质多芽云南重楼为种源，经6年系统选育，云南重楼多芽茎分生优势明显，主根茎粗壮和根系发达旺盛，主根茎头部多个株芽分化速度较快且均匀，每年每个茎的顶端或侧芽的顶端可分化两个芽，株芽粗壮，茎株发育生长整齐等。该品种两年可以形成分株繁育的4～8个粗壮根茎株芽；在春、夏、秋季茎芽与植株发育生长整齐，壮实，不易倒伏；结籽率与饱满率较高；有效成分含量高，平均含量2.43%，高于《中华人民共和国药典》（2015年版）规定的重楼皂苷指标性含量要求；平均重楼商品亩产达到710.5千克，高于同类相似品种产量150%～300%，且具有较好的稳定性和一致性，较适宜于温带和亚热带海拔1700～3100米的冷凉地区栽培，与滇重楼2号较为相似。
6.2.2.2分布
滇重楼主要分布在云南及周边地区，《中药大辞典》《中华本草》中记载其主产于云南、四川、贵州、广西等地。《中草药大典》记载，滇重楼分布于福建、湖北、湖南、广西、四川、贵州及云南等省区市的山地林下或路旁草丛的阴湿处。《常用中药材品种整理和质量研究》中记载，滇重楼主要分布在中国的云南、四川、贵州，缅甸也有分布。