水芹的栽培方法主要有浅水栽培、深水栽培和旱田湿润栽培等，栽培方法各有特色，在云南主要以浅水栽培为主。
1.水田选择
浅水栽培的水芹应选择地势不过于低洼、能灌能排的水田，要求土壤含有机质1.5%以上、保水保肥力较强、淤泥层较厚、土壤微酸性到中性的田块。
2.催芽与排种
浅水栽培的水芹一般选用圆叶类型品种的种茎，于秋季气温降到25℃以下时，直接下田种植，无需催芽，但生长和采收相应推迟。水芹早熟栽培则必须先行催芽，适期排种，才能达到早熟、早上市的目的。催芽常在排种前15天左右进行，云南多在8月上中旬，当地气温降至27℃左右时开始催芽。催芽时，先从留种田中收割老熟的母茎，要求茎粗1厘米左右，剔除过粗、过细的母茎，将其基部理齐，除去杂物，捆成30厘米左右的捆，并剪除无芽或只有细小腋芽的顶梢。捆好的母茎，应交叉堆放于接近水源的树萌下，堆底先垫一层稻草，堆高和直径一般不超过2米，堆上再盖一层草，早、晚各洒浇凉水1次，降温保湿，保持堆内温度20～25℃，以促进母茎各节腋芽萌发。每隔5～7天，于清晨凉爽时翻堆1次，冲洗掉烂叶残屑，重新堆好。经15天左右，多数萌芽萌发，长达2～3厘米时，即可排种，排种一般于当地气温降至25℃左右时进行。排种母茎间彼此相距5～6厘米，排种应选阴天或晴天下午3～4时开始，以防烈日晒萎芽苗。排种时，先将种茎在田四周田面上排放一环，一般采用放射状排放，基部朝田外，梢头朝田内，各茎中部相距5～6厘米。然后携种茎跨入田内，并带一细竹竿，均匀撒放种茎，如有不当，随时用竹竿挑平或拨匀。排种母茎一般200～250千克/亩。排种后，保持沟中有水，田面充分湿润而无水层。特别是催芽后排种的，要防止浅水日晒后升温过高，烫伤新根。播种约30天后，当新苗达15厘米左右时，结合除草，进行匀苗补缺，将生长过密的苗连根拔出一部分，每株2～3蔟，移栽于缺苗处，同时，对生长过高的苗适当深栽，使全田植株生长比较均匀整齐。
3.栽培季节
水芹都在秋季种植，冬季到次年早春采收，各地都实行单作，并与茭白、莲藕、慈姑、席草等水生作物实行合理轮作。
4.整地要求
水芹要求水源丰富、地势平坦、排灌便利及保水性好的田块。整地时，宜耕深25～30厘米，要求清除杂草，耙平泥面。田块四周和中间宜开宽、深均为15厘米的周沟和中沟，中沟间距宜为2～3米。每亩宜施腐熟厩肥3000千克、磷酸二铵60千克及复合微生物肥料180千克。
5.追肥和除草
水芹生长期间，一般追肥3次。第一次结合搁田追施速效氮肥，可用20%腐熟粪水或1%尿素水溶液（100千克/亩）浇施。如基肥充足，新苗生长嫩而旺，这次追肥也可以不施。第二、第三次追肥在第一次追肥后每隔20天左右进行1次，用量比第一次追肥增加20%～30%。3次追肥必须有机肥和化肥交替使用，以防品质变劣。缺钾的土壤还需在第二、第三次追肥之间追施l次肥，撒施草木灰（6千克/亩）或硫酸钾（15千克/亩）。每次追肥前应排干田水，追肥后1天还水。
6.田间管理
播种后，由于气温仍然较高，田间应保持湿润而无水层，防止积水和土壤干裂；如遇暴雨，应及时抢排积水，防止种苗漂浮或沤烂。排种后15～20天，大多数母茎腋芽萌生的新苗已长出新根和新叶时，排水搁田1～2天，使土壤稍干或出现细丝裂纹，以促进根深扎。旺盛生长阶段需持续保持浅水。
7.软化
为提高产品品质，常在日平均气温降到15℃左右、株高达35～40厘米时进行深栽软化。软化的方法是：将植株逐一拔起，每5～10株为1束，理齐根部，双手抱紧，将植株成束棵插入泥中，深15～18厘米，使植株下部投入泥中，在缺光的条件下逐渐软化变白。软化期间要灌入浅水，但应停止施肥，以防引起腐烂。
灌深水软化适宜于水质较深的田块，前期能排干田水，后期能逐步蓄深水，使水深最深达1米左右。催芽排苗方法如上所述，但从排水搁田以后则不再相同，即不再保持浅水灌溉，而是随着植株长高逐步加深灌水，使田间水深保持在允许植株上部20厘米左右露出水面，亦即每株约有3张叶片露在水上进行正常的生理活动，植株其余部分均投入水中。灌水深度一般70～80厘米。11月下旬至2月上旬陆续采收。使用本方法软化的水芹，茎秆淡绿，味清脆，每亩产量可达5000～12500千克。
旱田湿润栽培方法对土壤的要求较高，一般选择保水力强的壤土或黏壤土菜田栽培。其具体做法是：8月上旬每亩施厩肥5000千克、过磷酸钙50千克、硼砂1千克，把肥料翻入土中。畦面宽1.2米，沟宽0.3～0.4米，深0.15米。畦面上横向开排种沟，排种沟间距20厘米，宽6～8厘米，将已催芽的种株单行平放排入沟中。如果一个种株长度不够长，可以从别的种株上折下一段补齐。排种后覆土3厘米左右，浇透水，再覆盖遮阳网或秸草保湿。出苗前常浇水，保持地面湿润。旺长期追肥2次，每次每亩施腐熟人粪尿2500千克、氯化钾5千克或25%复合肥50千克。常除草、中耕，促进旺盛生长。10月下旬，气温降至15℃以下时培土软化。培土前，再按上述施肥量追肥1次。培土时，用2块长度与畦面宽相等，宽度为30厘米的木板插到植株行间，夹住水芹；木板两头分别用木桩固定，再取灌排沟中的土填入木板间；一边填土，一边整理植株，使其自然埋入土中，不能被压弯。培土高度以植株顶部露出土面3～5厘米为宜。将土拍实后，抽出木板，再继续培下一行，依此类推。培土宜在晴天下午进行，培土后灌水1次，灌水深度比培土前的畦面低2～3厘米。培土25～30天后，水芹可采收上市。
1.斑枯病
斑枯病的病菌在种株或病残体上越冬，分生孢子借气流或雨水传播。在叶上形成椭圆形病斑，中央呈灰白色，外围有黄晕。斑枯病会使叶旱枯。防治方法：①及时间苗除草，防止生长过密。②发病初期，选用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液或50%代森锰锌600倍液轮换喷雾防治。
2.锈病
锈病是由田间病菌的夏孢子经气流或雨水传播，在茎、叶柄和叶上形成细小密集的锈斑，引起全株枯死，为害严重。留种田也常发病。防治方法：①选择抗病品种。②发病初期，及时选用25%三唑酮（粉锈宁）可湿性粉剂1000倍液或50%代森锰锌可湿性粉剂600倍液等轮换喷雾防治，安全间隔期不宜少于10天。
3.胡萝卜微管蚜和芹菜二尾蚜
有翅蚜从邻田迁飞而来，产生大量无翅蚜，集中在植株幼嫩茎叶上刺吸汁液，严重时叶片枯黄，植株萎缩。防治方法：①短时间内灌深水淹没植株，漫去蚜虫。②蚜虫发生初期，可选用50克/升双丙环虫酯可分散液剂（10～16毫升/亩对水60千克）、25克/升高效氯氟氰菊酯（功夫）乳油2500～4000倍液、70%吡虫啉(艾美乐)水分散粒剂2～3克/亩对水60千克或10%溴氰虫酰胺可分散油悬浮剂30～40毫升/亩对水60千克等轮换喷雾防治。
1.采收
水芹的采收时期与采收量、品种、栽培时间和栽培方法有关。早熟品种、早栽、早软化的可以早收，在软化后20余天即可采收，最早在10月底，一般在12月开始采收，一直至次年4月底采收结束。采收时可根据市场需要随时采收，但一般以春节前后为采收盛期。水田深栽软化和灌深水软化栽培的，采收时连带植株根部拔起，清除根部泥土和腐烂茎叶。旱地软化栽培的，软化后30～60天，叶柄转白时，即可采收上市。采收时，将植株连根挖起或用镰刀平土收割，然后放在清水中漂洗干净。
2.留种
留种时，选留具有原品种的特征、生长高度中等、茎杆粗壮、节间较短、分株集中的植株作为种株，淘汰病株、弱株、劣株以及不符合品种特性的植株。留种田应选择肥力适中、靠近水源、灌排两便的田块，注意氮、磷、钾肥配合，防止氮肥偏多。选好种株，拔起后重新栽植，行株距18厘米×20厘米，每穴栽插1～3株，栽植深度10～15厘米。栽植后，保持5厘米左右的浅水层。留种田一般不追肥，保持浅水，炎热天要换水，排去宿水。生长前期，注意田间除草和疏苗，生长过密的植株可疏去部分弱分枝，生长茂盛的可割去顶梢。5—6月，种株高达1米以上，抽薹开花，茎杆老熟，叶片枯黄，节上生有小芽，此时不能下田践踏。此外，要及时防治蚜虫。